Bottenfaunaundersökning är en förnämlig metod för att få en bedömning av en sjös eller ett vattendrags status. Med hjälp av de akvatiska småkrypen erhålls en bild av om vattnet blivit utsatt för eventuell försurning, föroreningar eller annan miljöpåverkan då olika arter är olika känsliga för yttre påverkan. Förekomst eller avsaknad av känsliga arter speglar därför många gånger även hur vattnet påverkats över tid, ibland flera år bakåt i tiden.

Vid bottenfaunaprovtagning finns olika metoder framtagna av Naturvårdsverket. För tidsserier är sparkmetoden (SS-EN 27 828) lämpligast, då repeterbarheten är hög från år till år. Vid spark- metoden tas fem separata prover på vardera en kvadratmeter inom en tiometerssträcka i vattendrag eller i sjöns litoralzon. Om syftet är inventering av bottenfauna för exempelvis naturvärdesbedömning eller kalkningseffekts- uppföljning, är M42-inventering lämpligast. Då tas 30 provytor på vardera 0,2 m² stor yta schematiskt inom en 50 meter lång sträcka vilket oftast ger en bredare bild av artsamhället i vattnet. Vid inventering efter exempelvis vissa arter, maximalt antal arter eller vid vissa naturvärdesbedömningar finns även M42-inventering med riktat urval, vilken är en metod som inriktar sig på att så många mikrobiotoper som möjligt undersöks och följer därför inte ett schematiskt upplägg. Vid provtagning i sjöars profundal används Ekmanhuggare. Bottenprover tas då från båt med Ekmanhuggare så att sediment och bottenlevande djur kan insamlas.

Limnia utför dessa provtagningstyper samt även provtagning av påväxtalger. Vid samtliga provtagningar sker en noggrann dokumentation enligt Naturvårdsverkets lokalbeskrivning samt fotodokumentation. All dokumentation dataläggs och kontinuerliga backupper tas.